南埕镇历史悠久，早在宋代就有人群在此聚居生息，南宋景定五年(1264年)，元朝兴起，陈瑜从河南开封避乱开基龙山(今连山)，为史载开发南埕最早氏族之一。之后阮姓氏族到梓垵开基。当时属福建省清源郡德化县永宁乡善均里。
元代， 南埕属泉州分省德化县永宁乡清太里，先后有黄氏移居梓垵古格，林氏开发大南埕。
明代实行屯垦政策，一些外来军士留居德化开发，前锋危氏，塔兜张氏，南埕任氏，寺内王氏均是洪武拨军从外地迁来定居。那时南埕人口有了一定的增长，西山范、张、蔡氏，望洋程、王氏，枫坑张氏，高漈罗、王氏，大南埕王氏，半岭章氏，许厝周氏等都相继定居开发。值时，南埕属泉州府德化县清太里。
清代，南埕属清太里的登龙社、南埕社和肖坑社(后改为奎光社)，部分属在坊里茅岐社(文兴社)。建国前，分别属西南乡、瑞上乡、霞碧乡和水口乡；建国后，行政区域多次变化，初期高漈、南埕、西山属西南乡，蟠龙、连山属瑞上乡，枣坑属霞碧乡。1950年高漈、西山、枣坑属二区，南埕、蟠龙属三区；1951年枣坑属七区；1952年西山、高漈属二区，南埕属三区，连山、蟠龙属九区；1955年新设前锋、许厝乡，属二区，新设梓垵乡，属九区；1956年西山、许厝、高漈乡属雷峰区，蟠龙、连山乡属水口区。1958年10月公社化时，南埕、连山、蟠龙、梓垵属水口公社，西山、前锋、高漈、许厝属雷峰公社，枣坑属霞碧公社；1961年连山、蟠龙、梓垵、许厝属许厝公社，望洋以南的地区属高漈公社。枣坑属霞碧公社。1965年，原高漈公社所辖的高漈、半岭、前锋、西山、南埕、枣坑、望洋大队和许厝公社所辖的许厝、连山、蟠龙、梓垵大队合拼组建南埕人民公社。1980年冬增设塔兜大队。1984年9月改南埕人民公社为南埕乡人民政府。1991年元月南埕撤乡建镇。
南埕镇位于东经118°15’～118°32’，北纬25°33’一25°45’，地处德化县东部，介于戴云山东面与石牛山西北侧之间，海拔大多在300～850m之间。东接水口，西连雷峰，南邻龙门滩，北抵桂阳。全镇土地总面积约为241.05平方公里，东西长13.75公里，南北长22.5公里。.