嘉兴市疾病预防控制中心（挂嘉兴市精神卫生指导中心、嘉兴市职业病危害预防中心）成立于2001年，是集疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康（含精神卫生健康）相关因素信息管理、职业病防治、健康危害因素监测与干预、食品安全风险监测与评估、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、公共卫生技术管理与应用研究指导等工作为一体的市属公益一类事业单位。中心内部设有办公室（基本公共卫生服务项目办）、党办、传染病预防控制科（应急办）、慢性非传染性疾病预防控制科、免疫规划及相关疾病预防控制科、艾滋病性病结核病预防控制科、健康教育科（精神卫生科）、环境与健康科（职业健康与辐射防护科）、营养与食品卫生科（学校卫生科）、理化检验科（质管科）、微生物检验科11个科室，另有预防医学门诊部、嘉兴市精神性疾病防治（心理卫生）办公室、嘉兴市心脑血管病防治办公室、嘉兴市肿瘤防治办公室、嘉兴市糖尿病防治办公室、嘉兴市眼病防治办公室、嘉兴市口腔疾病防治办公室等7个附设机构。中心现有工作用房11275平方米，其中实验室用房5134平方米。设有专病实验室（艾滋病、流感、结核）、检验实验室（细胞、PCR、免疫、细菌）、微生物实验室（细菌、综合）等病原微生物实验室和理化分析实验室，是国家流感监测网络实验室、致病菌识别网网络实验室、艾滋病分子监测网络实验室和食品安全风险监测机构，拥有全自动病毒载量检测系统、液相芯片分析仪、自动核酸提取仪、荧光定量PCR仪、气-质联用仪、原子吸收分光光度计、原子荧光分光光度仪、超高效液相色谱仪、气相色谱仪、离子色谱仪、电感耦合等离子体-质谱联用仪、高效液相色谱-质谱等专业设备。具有实验室计量认证资质证书，具备了对外提供公正性检验数据的资质，至2022年共通过计量认证项目达22大类632项；2021年中心通过了浙江省职业卫生技术服务机构现场评审。先后创建了嘉兴市病原微生物检测重点实验室、嘉兴市医学重点学科（卫生检验学）、浙江省动物实验平台等科研创新团队或平台。